A székely írás eredetéről vallott tudós nézetek többször megváltoztak az utóbbi évszázadokban.
Kézai Simon 1282 táján készült krónikájában azt írja, hogy a székelyek „mint mondják” a blakok írását használják. Azóta sem tisztázódott, megbízható-e Kézainak ez az adata, s hogy kik is lehettek ezek a blakok. Amennyiben a korai keresztény (vö. blak, vlah, oláh, olasz!) vallású magyarokról van szó (a hunoknak 3 keresztény püspökségük volt a mervi, a heráti és a gurgáni oázisban), akkor ez a magyarázat érthetővé tenné, hogy a klasszikus székely írás legtöbb emléke miért a templomokban maradt fenn.
Az 1500-as években hun-szkíta írásként emlegették (a szkíták és a hunok alatt magyarokat értve), amint arról fentebb már esett szó.
Nagy Géza 1890-ben (még az ótürk írás megfejtése előtt) egy előadásában a formai hasonlóságok alapján az ótürk írással vetette össze a székely írást. Követői a formai hasonlóságokból és az egyaránt jobbról balra haladó írásirányból arra következtettek, hogy a székely írás az ótürk írás leszármazottja lehet. Sebestyén Gyula ugyan az 1900-as évek elején felismerte, hogy a sorvezetés csupán a rovástechnológia folyománya, s nem valamiféle abszolut sajátossága az írásoknak - de a felismeréseit a finnugrista szerzők nem értékelték a súlyának megfelelően.
Az ótürk eredeztetés elméletét a legteljesebb módon Németh Gyula fejtette ki 1934-ben „A magyar rovásírás” c. tanulmányában. Ebből nyilvánvaló, hogy a tétel nincs megalapozva, mert az alapvető ellenőrzéseket sem végezte el.
Annak ellenére ez a vélekedés maradt a „tudomány” álláspontja 1993-ig, hogy e tételt sohasem támasztották alá hitelt érdemlően. A legtöbb, amit a nézet képviselői elmondhattak, hogy a két írásrendszerben 16 jel formailag többé-kevésbé hasonló, ezen belül 5 jel formailag és tartalmilag is azonos. Ilyen fokú hasonlóság azonban sok távoli írásrendszerrel is kimutatható, de ezek vizsgálata sohasem történt meg. Fel sem merült, hogy a hasonlóság másképpen is magyarázható, mint a székely írásnak az ótürkből való származtatásával. Nem tárgyalták azt a tényt, hogy más írásrendszerekben (köztük a hettita hieroglif írásban) mintegy 20 formai és hasonló, vagy nagyobb arányú tartalmi egyezést találunk.
Az ótürk írásból való eredeztetés hívei (a magyar történeti hagyomány világos állításával ellentétben, minden nyelvi bizonyíték nélkül) a hunokat nem magyar, hanem török nyelvű népnek tartották. Ebből arra következtettek, hogy a székely írást idegenektől kellett átvennünk. Átadónak a török népeket tartották a legalkalmasabbnak; mert a finnugrizmus szerint a magyarság az Urál vidékén született meg, s a Kárpát-medencéig tartó, időben is rövid hipotetikus életútja során nem találkozhatott másik, rovásírással rendelkező néppel.
1993-ban jelent meg Simon Péter – Szekeres István – Varga Géza közös kötete (Bronzkori magyar írásbeliség, Budapest, Írástörténeti Kutatóintézet). Simon Péter – széles körű kitekintés alapján - megállapította, hogy a székely írást nem írástörténeti érvek alapján eredeztették, hanem alárendelték egy téves történeti prekoncepciónak. Szerinte a székely írásjelek az ősvallás által „megszentelt” hieroglifikus fogalomjelekből alakultak ki a Fekete-tengertől és a Kaukázustól délre, a Kr. e. II. évezredben. Szekeres István és Varga Géza is egy-egy világmodell jeleivel (szójelekkel) vetették össze a székely írás jeleit. Később ez elvi jelentőségű felismerésnek bizonyult, mert a világmodellek eredetileg a kőkori ősvallás jelképei voltak. A három kutató együttműködésével több székely jel esetében tisztázódott a jelforma képi tartalma és sikerült rekonstruálni az akrofónia folyamatát. Ezek alapján nyilvánvalóvá vált, hogy a székely írás betűi magyar szójelekből alakultak ki: a székely írás a magyar nép alkotása.
A kötet megjelenése után azok a kutatók, akik korábban az ótürk eredeztetés hívei voltak, sorra ismerték be, hogy a székely írás eredete tisztázatlan. Sándor Klára 1996-ban (A székely írás megíratlan történetei, Erdélyi Múzeum) kifejezetten úgy fogalmazott, hogy a tudomány nem ismeri a székely írást, vagy nem ismeri eléggé: „minden alapvető kérdés tisztázatlan”.
Ez azonban csak az akadémikus „tudomány” álláspontja. A székely írás kutatását szabotáló akadémikus "tudomány" helyett a független értelmiség végzi a kutatást és mutatja fel az eredményeket.
Varga Géza 1999-ben (A székely rovásírás eredete, Budapest, Írástörténeti Kutatóintézet) kiadott kötetében a Mas d' Azil-i jelek és az indián jelek rokonságának, valamint a világmodellek szerepének felismerésével a székely írás eredetét a kőkorba helyezte. „A székely írás jelformái egy kőkorszaki világmodell felülnézeti és szembőlnézeti változataiból, meg a világmodellt alkotó szimbólumokból alakultak ki. ... A jelkészlet első alkalmazásai az Ararát ... tágabb környezetében rítusok tárgyi eszközrendszerét díszíthették valamikor a jégkorszak idején. ... az Újvilág benépesedésekor a székely írás elődjét már használták Eurázsiában ... a székely írás az emberiség legkorábbi, ismert, fonetikus jelrendszerének közvetlen leszármazottja”.
Varga Csaba a „ Jel, jel, jel avagy az ABC 30.000 éves története” c. kötetében( Fríg Kiadó, Budapest, 2000.) a korai íráshasználat fontos - ám el nem olvasott - bizonyítékait találja a jégkorszakból és az azt követő időszakból. A jelszám alapján arra következtet, hogy az írást a magyar nyelv számára dolgozhatták ki.
